Table 3 Summary of cladistic relationships of the polyploid alleles that are highly supported at the species level (mapped in Figures 2 , 3 , 4 and 5 )
From: Single copy nuclear gene analysis of polyploidy in wild potatoes (Solanum section Petota)
Species | Number of accessions/species examined | Clade 1 + 2 | Clade 3 | Clade 4 |
|---|---|---|---|---|
Solanum acaule | 310923, 472648, 473485 | No allele from clade 1 + 2 with BS = 0.85 | Precise origin not identified, but at least 1 allele with BS = 0.96. | S. lignicaule; S. candolleanum and S. raphanifolium clade |
S. albicans | 230494, 365305, 365376 | No allele with BS ≥ 0.70 | S. hypacrarthrum | S. candolleanum and S. raphanifolium clade |
| Â | 561642 | No allele with BS = 0.84 | S. chilliasense and S. piurae clade; S. chomatophilum | S. candolleanum and S. raphanifolium clade |
S. demissum | 225711, 275206, 275211, 498012, 545763, 558482 | No allele with BS ≥ 0.82 | Precise origin not identified, but at least 1 allele with BS > 0.96 for all accessions | S. berthaultii; S. verrucosum; S. candolleanum and S. raphanifolium clade |
| Â | 161719 | S. trifidum | Precise origin not identified, but at least 1 allele with BS = 0.95 | S. berthaultii, S. verrucosum, S. candolleanum and S. raphanifolium clade |
S. agrimonifolium, S. colombianum | 243350, 558372, 561633, 583325 | No allele with BS ≥ 0.91 | S. andreanum and S. albornozii clade | S. laxissimum, S. limbaniense, and S. violaceimarmoratum clade |
S. moscopanum | 567812, 567843 | No allele with BS ≥ 0.92 | S. andreanum and S. albornozii clade; S. chomatophilum | S. laxissimum, S. limbaniense, and S. violaceimarmoratum clade |
S. hougasii | 161174, 161726, 558402, 558422, 239423 | S. stenophyllidium; S. trifidum (ambiguous for 239423) | S. andreanum and S. albornozii clade | S. berthaultii, S. verrucosum |
S. iopetalum | 275181, 275182, 498021, 498251, 558405, 558409, 607850 | No allele with BS ≥ 0.90 | S. andreanum and S. albornozii clade | S. berthaultii, S. verrucosum; S. laxissimum, S. limbaniense, and S. violaceimarmoratum clade |
S. schenckii | 275261, 498040, 498250, 558458, | S. polyadenium; S. stenophyllidium; S. trifidum | S. andreanum and S. albornozii clade | S. berthaultii; S. verrucosum |
| Â | 545733 | S. polyadenium; S. trifidum | S. andreanum and S. albornozii clade | S. berthaultii; S. verrucosum |
| Â | 558456 | S. stenophyllidium | No allele from clade 3 with BS = 0.99 | S. berthaultii; S. verrucosum |
S. hjertingii | 186559, 251067, 498019, 498050, 545713, 570625 | S. stenophyllidium | No allele with BS ≥ 0.84 | S. berthaultii; S. verrucosum |
S. stoloniferum | 275252, 283101, 497994, 498028, 545740, 558395, 558453 |  | No allele with BS ≥ 0.84 | S. berthaultii; S. verrucosum |
S. stoloniferum | 558454, 545787 | No allele with BS ≥ 0.83 | S. chomatophilum (species origin within the clade ambiguous for 545787) | S. candolleanum and S. raphanifolium clade |
S. stoloniferum | 558466 | S. polyadenium, S. trifidum | S. andreanum and S. albornozii clade | S. berthaultii; S. verrucosum |