Table 1 Detection of selection and/or relaxation of constraints by comparing MA, MA0 and M1a models (H1 hypothesis/H0 hypothesis)
Gene family | Da | Seq.b | Lengthc | CFd | ωbe | Sitesf | MA/M1ag | MA/MA0g | MA0/M1ag | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
PHO | 1 | a | 31 | 764 | 0 | 0.15 | 14.80 | 5.27 10-16 | 5.63 10-7 | 1.67 10-11 |
b | 0.15 | 5.70 | 1.65 10-18 | 8.88 10-13 | 2.83 10-8 | |||||
PGM | 1 | a | 29 | 469 | 0 | 0.11 | 8.88 | 6.55 10-7 | 3.92 10-5 | 6.72 10-4 |
b | 0.11 | 13.12 | 1.52 10-12 | 2.76 10-6 | 1.22 10-8 | |||||
GBSS&SS | 1 | a | 50 | 260 | 0 | 0.21 | 20.58 | 1.92 10-7 | 4.96 10-6 | 1.50 10-3 |
b | 0.22 | 34.86 | 2.70 10-4 | 8.32 10-4 | n.s. | |||||
2 | a | 29 | 425 | 0 | 0.19 | 8.91 | 9.47 10-5 | 1.73 10-3 | n.s. | |
b | 0.18 | 19.18 | 1.19 10-20 | 3.11 10-11 | 5.09 10-12 | |||||
3 | a | 18 | 481 | 0 | 0.22 | 0.00 | n.s. | n.s. | n.s. | |
b | 0.22 | 0.76 | n.s. | n.s. | n.s. | |||||
4 | a | 21 | 276 | 0 | 0.28 | 0.00 | n.s. | n.s. | n.s. | |
b | 0.28 | 9.76 | 3.63 10-6 | 2.03 10-5 | 8.63 10-3 | |||||
5 | a | 30 | 324 | 0 | 0.20 | 16.39 | 6.01 10-6 | 3.24 10-4 | 8.54 10-4 | |
b | 0.20 | 11.01 | 5.68 10-7 | 3.55 10-6 | 7.01 10-3 | |||||
6 | a | 13 | 426 | 1 | 0.25 | 0.00 | n.s. | n.s. | n.s. | |
b | 0.25 | 0.00 | n.s. | n.s. | n.s. | |||||
BE | 1 | a | 35 | 594 | 0 | 0.14 | 9.07 | 1.40 10-12 | 2.62 10-11 | 1.44 10-3 |
b | 0.14 | 12.92 | 2.63 10-19 | 1.06 10-12 | 3.60 10-9 | |||||
2 | a | 13 | 674 | 1 | 0.15 | 26.61 | n.s. | n.s. | n.s. | |
b | 0.15 | 0.43 | n.s. | n.s. | n.s. | |||||
DBE | 1 | a | 24 | 251 | 2 | 0.20 | 9.42 | n.s. | n.s. | n.s. |
b | 0.20 | 9.13 | 7.02 10-5 | 6.18 10-4 | 6.50 10-3 | |||||
2 | a | 18 | 348 | 0 | 0.17 | 9.94 | 8.71 10-6 | 5.21 10-5 | 8.48 10-3 | |
b | 0.18 | 22.63 | 1.79 10-9 | 5.25 10-5 | 1.00 10-6 | |||||
AGT | 1 | a | 10 | 279 | 3 | 0.11 | 0.75 | n.s. | n.s. | n.s. |