Skip to main content

Table 1 Ribosomal protein promoters Quality of the TATA Box Motifs, the Number of Transcription Factor-Binding Sites and the Location of AUG Codons.

From: The architecture of mammalian ribosomal protein promoters

RP GENE

TATA Quality

% H/M identity in 300 bp ‡

GABP (5' of tsp)

Sp1 (5' of tsp)

YY1 (3' of tsp)

OTHER (5' of tsp)

AUG †

 

Hs

Mm

 

H-M

H

H-M

H

H-M

H

  

SA

+

+

58

 

1

 

2

1

 

ATF, CREB

E2

S2

+

+

54

  

1

1

   

E2

S3

+

+

60

1

 

1

 

1

  

E1

S3a

–

–

75

2

 

1

   

AP1

E1

S4

+/–

+/–

70

1

1

1

    

E1e

S5

+/–

+

62

1

      

E2

S6

–

–

56

3 *

  

1

 

1

Box A *

E1

S7

+/–

+

56

 

4

 

2

  

Box A

E2

S8

+/–

+/–

60

  

1

    

E1e

S9

+

+

50

 

1

  

1

 

ATF, CREB, AP1

E2

S10

–

–

64

1

 

1

1

1

 

Nrf1

E2

S11

+/–

+/–

53

1

 

1

1

1

 

Box A, ATF, CREB, AP1

E1

S12

+

+

62

1

     

Nrf1

E2

S13

–

+/–

61

  

1

 

1

 

AP1

E1

S14

–

–

62

3 *

 

1

   

AP1

E2

S15

+/–

+/–

52

1

 

1

 

1

 

Nrf1

E1e

S15a

+/–

+/–

59

1

   

2

1

Box A

E2

S16

–

+/–

74

  

2 *

2

  

Nrf1

E1

S17

+/–

+

60

1

1

 

2

 

1

 

E1e

S18

+

+

64

3

 

1

   

ATF, CREB

E1e

S19

+/–

+/–

72

  

1

1

  

Box A (2)

E2

S20

+

+

63

1

 

1

    

E1e

S21

+

+/–

52

3

  

1

   

E2

S23

–

–

65

1

 

1

 

1

  

E1e

S24

+

+

59

 

1

 

1

2

  

E1e

S25

–

–

56

1

1

     

E1e

S26

+

+

53

    

1

  

E1e

S27

+

+

71

2

1

  

1

  

E1

S27a

–

–

57

  

1

1

1

  

E2

S28

+

+

67

1

1

 

1

1

 

AP1

E1

S29

–

–

inc

       

E1

S30

–

–

68

  

4

 

1

 

ATF, CREB

E2

L3

+

+

56

 

2

1

 

1

1

 

E1e

L4

+

+

68

   

2

   

E1e

L5

+

+

62

   

1

1

  

E1e

L6

+/–

+/–

62

1

1

  

1

  

E2

L7

+/–

+/–

69

1

   

1

 

Nrf1

E1

L7a

+

+

51

  

2

1

1

1

Box A*, B

E1e

L8

+/–

+/–

50

1

1

1

1

1

 

AP1

E2

L9

–

–

57

     

1

ATF, CREB (2)

E2

L10

+

+

60

   

1

   

E2

L10a

+

+

55

      

Box A, Nrf1

E1

L11

+/–

+/–

64

1

 

1

 

1

  

E2

L12

+

+

73

 

1

    

Box A

E1

L13

–

+/–

55

   

1

1

  

E2

L13a

+/–

+/–

67

 

2

2

 

1

 

ATF, CREB, AP1

E1

L14

+/–

+/–

58

  

2

1

  

Nrf1

E1e

L15

–

–

66

1

 

1

1

2

  

E2

L17

–

–

69

 

1

  

1

1

Box A

E2

L18

–

–

51

  

1

 

2

 

ATF, CREB, AP1

E1e

L18a

–

–

67

1

 

1

    

E1

L19

+/–

+/–

65

1

1

     

E1

L21

–

–

62

  

1

 

1

  

E2

L22

–

–

61

       

E1

L23

+

+

64

 

1

1

  

1

 

E1

L23a

+/–

+/–

63

    

1

 

Box A

E1

L24

+/–

+/–

56

 

1

  

1

  

E1

L26

+/–

+/–

64

1

1

  

2

 

Box A

E2

L27

–

–

66

3

 

1

 

1

  

E2

L27a

–

–

56

1

 

1

1

  

Box A

E1e

L28

+

+/–

56

2

1

 

1

1

  

E2

L29

+/–

+/–

68

2

  

1

 

1

 

E1e//2

L30

–

–

60

2 *

  

1

1 *

 

RFX1* Gamma*

E2

L31

–

–

62

1

 

1

    

E2

L32

–

–

68

1 *

   

1 *

1 *

Gamma *

E2

L34

–

–

55

1

 

1

2

1

  

E2

L35

–

–

59

  

2

4

1

  

E1e

L35a

–

–

64

  

1

1

1

  

E2

L36

+/–

+

51

   

1

 

1

 

E2

L36a

+

+

62

1

 

2

2

1

  

E1e

L37

+

–

60

2

2

1

1

2

  

E1e

L37a

+/–

+/–

52

1

     

Nrf1

E1e

L38

+/–

–

62

2

      

E2

L39

–

+/–

61

1

1

 

1

1

  

E1e

L40

–

–

62

2

  

3

  

ATF, CREB

E2

L41

+

+

54

1

1

1

   

ATF, CREB, AP1

E2

LP0

+

+

59

 

1

     

E2

LP1

+/–

+/–

62

1

      

E1

LP2

+/–

–

55

  

1

    

E2

  1. Bolded numbers indicate that the sites are aligned in orthologous human and mouse genes. An asterisk indicates that there is experimental evidence for the functionality of one or more of the sites.
  2. ‡ From –200 to +100 relative to the tsp.
  3. † E1, within Exon 1; E1e, at the extreme 3' end of Exon 1; E2, within Exon 2. The locations are conserved in all rp genes except rpL29 .