TY - JOUR AU - Stokes, H. W. AU - Hall, R. M. PY - 1989 DA - 1989// TI - A novel family of potentially mobile DNA elements encoding site-specific gene-integration functions: integrons JO - Molecular Microbiology VL - 3 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.1989.tb00153.x DO - 10.1111/j.1365-2958.1989.tb00153.x ID - Stokes1989 ER - TY - JOUR AU - Hall, R. M. AU - Collis, C. M. AU - Kim, M. J. AU - Partridge, S. R. AU - Recchia, G. D. AU - Stokes, H. W. PY - 1999 DA - 1999// TI - Mobile gene cassettes and integrons in evolution JO - Ann N Y Acad Sci VL - 870 UR - https://doi.org/10.1111/j.1749-6632.1999.tb08866.x DO - 10.1111/j.1749-6632.1999.tb08866.x ID - Hall1999 ER - TY - JOUR AU - Recchia, G. D. AU - Hall, R. M. PY - 1995 DA - 1995// TI - Plasmid evolution by acquisition of mobile gene cassettes: plasmid pIE723 contains the aadB gene cassette precisely inserted at a secondary site in the incQ plasmid RSF1010 JO - Mol Microbiol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.1995.tb02232.x DO - 10.1111/j.1365-2958.1995.tb02232.x ID - Recchia1995 ER - TY - JOUR AU - Stokes, H. W. AU - O'Gorman, D. B. AU - Recchia, G. D. AU - Parsekhian, M. AU - Hall, R. M. PY - 1997 DA - 1997// TI - Structure and function of 59-base element recombination sites associated with mobile gene cassettes JO - Mol Microbiol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.1997.6091980.x DO - 10.1046/j.1365-2958.1997.6091980.x ID - Stokes1997 ER - TY - JOUR AU - Collis, C. M. AU - Hall, R. M. PY - 1992 DA - 1992// TI - Gene cassettes from the insert region of integrons are excised as covalently closed circles JO - Mol Microbiol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.1992.tb01467.x DO - 10.1111/j.1365-2958.1992.tb01467.x ID - Collis1992 ER - TY - JOUR AU - Collis, C. M. AU - Grammaticopoulos, G. AU - Briton, J. AU - Stokes, H. W. AU - Hall, R. M. PY - 1993 DA - 1993// TI - Site-specific insertion of gene cassettes into integrons JO - Mol Microbiol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.1993.tb01667.x DO - 10.1111/j.1365-2958.1993.tb01667.x ID - Collis1993 ER - TY - JOUR AU - Rowe-Magnus, D. A. AU - Guerout, A. M. AU - Mazel, D. PY - 1999 DA - 1999// TI - Super-integrons JO - Res Microbiol VL - 150 UR - https://doi.org/10.1016/S0923-2508(99)00127-8 DO - 10.1016/S0923-2508(99)00127-8 ID - Rowe-Magnus1999 ER - TY - JOUR AU - Brown, H. J. AU - Stokes, H. W. AU - Hall, R. M. PY - 1996 DA - 1996// TI - The integrons In0, In2, and In5 are defective transposon derivatives JO - J Bacteriol VL - 178 ID - Brown1996 ER - TY - JOUR AU - Holmes, A. J. AU - Gillings, M. R. AU - Nield, B. S. AU - Mabbutt, B. C. AU - Nevalainen, K. M. AU - Stokes, H. W. PY - 2003 DA - 2003// TI - The gene cassette metagenome is a basic resource for bacterial genome evolution JO - Environ Microbiol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1046/j.1462-2920.2003.00429.x DO - 10.1046/j.1462-2920.2003.00429.x ID - Holmes2003 ER - TY - JOUR AU - Gillings, M. R. AU - Holley, M. P. AU - Stokes, H. W. AU - Holmes, A. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Integrons in Xanthomonas: a source of species genome diversity JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0406620102 DO - 10.1073/pnas.0406620102 ID - Gillings2005 ER - TY - JOUR AU - Michael, C. A. AU - Gillings, M. R. AU - Holmes, A. J. AU - Hughes, L. AU - Andrew, N. R. AU - Holley, M. P. AU - Stokes, H. W. PY - 2004 DA - 2004// TI - Mobile gene cassettes: a fundamental resource for bacterial evolution JO - Am Nat VL - 164 UR - https://doi.org/10.1086/421733 DO - 10.1086/421733 ID - Michael2004 ER - TY - JOUR AU - Rowe-Magnus, D. A. AU - Guerout, A. M. AU - Biskri, L. AU - Bouige, P. AU - Mazel, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Comparative analysis of superintegrons: engineering extensive genetic diversity in the Vibrionaceae JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.617103 DO - 10.1101/gr.617103 ID - Rowe-Magnus2003 ER - TY - JOUR AU - Rowe-Magnus, D. A. AU - Guerout, A. M. AU - Ploncard, P. AU - Dychinco, B. AU - Davies, J. AU - Mazel, D. PY - 2001 DA - 2001// TI - The evolutionary history of chromosomal super-integrons provides an ancestry for multiresistant integrons JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.98.2.652 DO - 10.1073/pnas.98.2.652 ID - Rowe-Magnus2001 ER - TY - JOUR AU - Rowe-Magnus, D. A. AU - Mazel, D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Integrons: natural tools for bacterial genome evolution JO - Curr Opin Microbiol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1016/S1369-5274(00)00252-6 DO - 10.1016/S1369-5274(00)00252-6 ID - Rowe-Magnus2001 ER - TY - JOUR AU - Thompson, F. L. AU - Iida, T. AU - Swings, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Biodiversity of vibrios JO - Microbiol Mol Biol Rev VL - 68 UR - https://doi.org/10.1128/MMBR.68.3.403-431.2004 DO - 10.1128/MMBR.68.3.403-431.2004 ID - Thompson2004 ER - TY - JOUR AU - Ruby, E. G. AU - Urbanowski, M. AU - Campbell, J. AU - Dunn, A. AU - Faini, M. AU - Gunsalus, R. AU - Lostroh, P. AU - Lupp, C. AU - McCann, J. AU - Millikan, D. AU - Schaefer, A. AU - Stabb, E. AU - Stevens, A. AU - Visick, K. AU - Whistler, C. AU - Greenberg, E. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Complete genome sequence of Vibrio fischeri: a symbiotic bacterium with pathogenic congeners JO - Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0409900102 DO - 10.1073/pnas.0409900102 ID - Ruby2005 ER - TY - JOUR AU - Makino, K. AU - Oshima, K. AU - Kurokawa, K. AU - Yokoyama, K. AU - Uda, T. AU - Tagomori, K. AU - Iijima, Y. AU - Najima, M. AU - Nakano, M. AU - Yamashita, A. AU - Kubota, Y. AU - Kimura, S. AU - Yasunaga, T. AU - Honda, T. AU - Shinagawa, H. AU - Hattori, M. AU - Iida, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Genome sequence of Vibrio parahaemolyticus: a pathogenic mechanism distinct from that of V cholerae JO - Lancet VL - 361 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(03)12659-1 DO - 10.1016/S0140-6736(03)12659-1 ID - Makino2003 ER - TY - JOUR AU - Heidelberg, J. F. AU - Eisen, J. A. AU - Nelson, W. C. AU - Clayton, R. A. AU - Gwinn, M. L. AU - Dodson, R. J. AU - Haft, D. H. AU - Hickey, E. K. AU - Peterson, J. D. AU - Umayam, L. AU - Gill, S. R. AU - Nelson, K. E. AU - Read, T. D. AU - Tettelin, H. AU - Richardson, D. AU - Ermolaeva, M. D. AU - Vamathevan, J. AU - Bass, S. AU - Qin, H. AU - Dragoi, I. AU - Sellers, P. AU - McDonald, L. AU - Utterback, T. AU - Fleishmann, R. D. AU - Nierman, W. C. AU - White, O. AU - Salzberg, S. L. AU - Smith, H. O. AU - Colwell, R. R. AU - Mekalanos, J. J. AU - Venter, J. C. AU - Fraser, C. M. PY - 2000 DA - 2000// TI - DNA sequence of both chromosomes of the cholera pathogen Vibrio cholerae JO - Nature VL - 406 UR - https://doi.org/10.1038/35020000 DO - 10.1038/35020000 ID - Heidelberg2000 ER - TY - JOUR AU - Chen, C. Y. AU - Wu, K. M. AU - Chang, Y. C. AU - Chang, C. H. AU - Tsai, H. C. AU - Liao, T. L. AU - Liu, Y. M. AU - Chen, H. J. AU - Shen, A. B. AU - Li, J. C. AU - Su, T. L. AU - Shao, C. P. AU - Lee, C. T. AU - Hor, L. I. AU - Tsai, S. F. PY - 2003 DA - 2003// TI - Comparative genome analysis of Vibrio vulnificus, a marine pathogen JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1295503 DO - 10.1101/gr.1295503 ID - Chen2003 ER - TY - JOUR AU - Stokes, H. W. AU - Holmes, A. J. AU - Nield, B. S. AU - Holley, M. P. AU - Nevalainen, K. M. AU - Mabbutt, B. C. AU - Gillings, M. R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Gene cassette PCR: sequence-independent recovery of entire genes from environmental DNA JO - Appl Environ Microbiol VL - 67 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.67.11.5240-5246.2001 DO - 10.1128/AEM.67.11.5240-5246.2001 ID - Stokes2001 ER - TY - JOUR AU - Liao, D. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene conversion drives within genic sequences: concerted evolution of ribosomal RNA genes in bacteria and archaea JO - Journal of Molecular Evolution VL - 51 ID - Liao2000 ER - TY - JOUR AU - Sorum, H. AU - Roberts, M. C. AU - Crosa, J. H. PY - 1992 DA - 1992// TI - Identification and Cloning of a Tetracyclin Resistance Gene from the Fish Pathogen Vibrio salmonicida JO - Antimicrobial Agents and Chemotherapy VL - 36 UR - https://doi.org/10.1128/AAC.36.3.611 DO - 10.1128/AAC.36.3.611 ID - Sorum1992 ER - TY - JOUR AU - Biskri, L. AU - Bouvier, M. AU - Guérout, A. M. AU - Boisnard, S. AU - Mazel, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparative study of class 1 integron and Vibrio cholerae superintegron integrase activities JO - Journal of Bacteriology VL - 187 UR - https://doi.org/10.1128/JB.187.5.1740-1750.2005 DO - 10.1128/JB.187.5.1740-1750.2005 ID - Biskri2005 ER - TY - JOUR AU - Holmes, A. J. AU - Holley, M. P. AU - Mahon, A. AU - Nield, B. AU - Gillings, M. AU - Stokes, H. W. PY - 2003 DA - 2003// TI - Recombination activity of a distinctive integron-gene cassette system associated with Pseudomonas stutzeri populations in soil JO - J Bacteriol VL - 185 UR - https://doi.org/10.1128/JB.185.3.918-928.2003 DO - 10.1128/JB.185.3.918-928.2003 ID - Holmes2003 ER - TY - CHAP AU - Wilson, K. ED - Ausabel, F. M. ED - Brent, R. ED - Kingston, R. E. ED - Moore, D. D. ED - Seidmon, J. A. ED - Stuhl, K. ED - Smith, J. A. PY - 1994 DA - 1994// TI - Preparation of genomic DNA from bacteria BT - Current protocols in molecular biology PB - New York CY - John Wiley and Sons ID - Wilson1994 ER - TY - STD TI - KEGG: http://www.genome.ad.jp/kegg. ID - ref26 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. D. AU - Higgins, D. G. AU - Gibson, T. J. PY - 1994 DA - 1994// TI - CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice JO - Nucleic Acids Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/nar/22.22.4673 DO - 10.1093/nar/22.22.4673 ID - Thompson1994 ER - TY - CHAP AU - Swofford, D. L. PY - 1998 DA - 1998// BT - PAUP*. Phylogenetic analysis using parsimony (* and other methods) PB - Sunderland CY - Sinauer and Associates ID - Swofford1998 ER - TY - JOUR AU - Posada, D. AU - Crandall, K. A. PY - 1998 DA - 1998// TI - MODELTEST: testing the model of DNA substitution JO - Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/14.9.817 DO - 10.1093/bioinformatics/14.9.817 ID - Posada1998 ER - TY - STD TI - PHYLIP: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html. ID - ref30 ER - TY - STD TI - PUZZLE: http://www.tree-puzzle.de. ID - ref31 ER -