TY - JOUR AU - Lander, E. S. AU - Linton, L. M. AU - Birren, B. AU - Nusbaum, C. AU - Zody, M. C. AU - Baldwin, J. AU - Devon, K. AU - Dewar, K. AU - Doyle, M. AU - FitzHugh, W. AU - Funke, R. AU - Gage, D. AU - Harris, K. AU - Heaford, A. AU - Howland, J. AU - Kann, L. AU - Lehoczky, J. AU - LeVine, R. AU - McEwan, P. AU - McKernan, K. AU - Meldrim, J. AU - Mesirov, J. P. AU - Miranda, C. AU - Morris, W. AU - Naylor, J. AU - Raymond, C. AU - Rosetti, M. AU - Santos, R. AU - Sheridan, A. AU - Sougnez, C. AU - Stange-Thomann, N. AU - Stojanovic, N. AU - Subramanian, A. AU - Wyman, D. AU - Rogers, J. AU - Sulston, J. AU - Ainscough, R. AU - Beck, S. AU - Bentley, D. AU - Burton, J. AU - Clee, C. AU - Carter, N. AU - Coulson, A. AU - Deadman, R. AU - Deloukas, P. AU - Dunham, A. AU - Dunham, I. AU - Durbin, R. AU - French, L. AU - Grafham, D. AU - Gregory, S. AU - Hubbard, T. AU - Humphray, S. AU - Hunt, A. AU - Jones, M. AU - Lloyd, C. AU - McMurray, A. AU - Matthews, L. AU - Mercer, S. AU - Milne, S. AU - Mullikin, J. C. AU - Mungall, A. AU - Plumb, R. AU - Ross, M. AU - Shownkeen, R. AU - Sims, S. AU - Waterston, R. H. AU - Wilson, R. K. AU - Hillier, L. W. AU - McPherson, J. D. AU - Marra, M. A. AU - Mardis, E. R. AU - Fulton, L. A. AU - Chinwalla, A. T. AU - Pepin, K. H. AU - Gish, W. R. AU - Chissoe, S. L. AU - Wendl, M. C. AU - Delehaunty, K. D. AU - Miner, T. L. AU - Delehaunty, A. AU - Kramer, J. B. AU - Cook, L. L. AU - Fulton, R. S. AU - Johnson, D. L. AU - Minx, P. J. AU - Clifton, S. W. AU - Hawkins, T. AU - Branscomb, E. AU - Predki, P. AU - Richardson, P. AU - Wenning, S. AU - Slezak, T. AU - Doggett, N. AU - Cheng, J. F. AU - Olsen, A. AU - Lucas, S. AU - Elkin, C. AU - Uberbacher, E. AU - Frazier, M. AU - Gibbs, R. A. AU - Muzny, D. M. AU - Scherer, S. E. AU - Bouck, J. B. AU - Sodergren, E. J. AU - Worley, K. C. AU - Rives, C. M. AU - Gorrell, J. H. AU - Metzker, M. L. AU - Naylor, S. L. AU - Kucherlapati, R. S. AU - Nelson, D. L. AU - Weinstock, G. M. AU - Sakaki, Y. AU - Fujiyama, A. AU - Hattori, M. AU - Yada, T. AU - Toyoda, A. AU - Itoh, T. AU - Kawagoe, C. AU - Watanabe, H. AU - Totoki, Y. AU - Taylor, T. AU - Weissenbach, J. AU - Heilig, R. AU - Saurin, W. AU - Artiguenave, F. AU - Brottier, P. AU - Bruls, T. AU - Pelletier, E. AU - Robert, C. AU - Wincker, P. AU - Rosenthal, A. AU - Platzer, M. AU - Nyakatura, G. AU - Taudien, S. AU - Rump, A. AU - Yang, H. M. AU - Yu, J. AU - Wang, J. AU - Huang, G. Y. AU - Gu, J. AU - Hood, L. AU - Rowen, L. AU - Madan, A. AU - Qin, S. Z. AU - Davis, R. W. AU - Federspiel, N. A. AU - Abola, A. P. AU - Proctor, M. J. AU - Myers, R. M. AU - Schmutz, J. AU - Dickson, M. AU - Grimwood, J. AU - Cox, D. R. AU - Olson, M. V. AU - Kaul, R. AU - Raymond, C. AU - Shimizu, N. AU - Kawasaki, K. AU - Minoshima, S. AU - Evans, G. A. AU - Athanasiou, M. AU - Schultz, R. AU - Roe, B. A. AU - Chen, F. AU - Pan, H. Q. AU - Ramser, J. AU - Lehrach, H. AU - Reinhardt, R. AU - McCombie, W. R. AU - de la Bastide, M. AU - Dedhia, N. AU - Blocker, H. AU - Hornischer, K. AU - Nordsiek, G. AU - Agarwala, R. AU - Aravind, L. AU - Bailey, J. A. AU - Bateman, A. AU - Batzoglou, S. AU - Birney, E. AU - Bork, P. AU - Brown, D. G. AU - Burge, C. B. AU - Cerutti, L. AU - Chen, H. C. AU - Church, D. AU - Clamp, M. AU - Copley, R. R. AU - Doerks, T. AU - Eddy, S. R. AU - Eichler, E. E. AU - Furey, T. S. AU - Galagan, J. AU - Gilbert, J. G. R. AU - Harmon, C. AU - Hayashizaki, Y. AU - Haussler, D. AU - Hermjakob, H. AU - Hokamp, K. AU - Jang, W. H. AU - Johnson, L. S. AU - Jones, T. A. AU - Kasif, S. AU - Kaspryzk, A. AU - Kennedy, S. AU - Kent, W. J. AU - Kitts, P. AU - Koonin, E. V. AU - Korf, I. AU - Kulp, D. AU - Lancet, D. AU - Lowe, T. M. AU - McLysaght, A. AU - Mikkelsen, T. AU - Moran, J. V. AU - Mulder, N. AU - Pollara, V. J. AU - Ponting, C. P. AU - Schuler, G. AU - Schultz, J. R. AU - Slater, G. AU - Smit, A. F. A. AU - Stupka, E. AU - Szustakowki, J. AU - Thierry-Mieg, D. AU - Thierry-Mieg, J. AU - Wagner, L. AU - Wallis, J. AU - Wheeler, R. AU - Williams, A. AU - Wolf, Y. I. AU - Wolfe, K. H. AU - Yang, S. P. AU - Yeh, R. F. AU - Collins, F. AU - Guyer, M. S. AU - Peterson, J. AU - Felsenfeld, A. AU - Wetterstrand, K. A. AU - Patrinos, A. AU - Morgan, M. J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Initial sequencing and analysis of the human genome JO - Nature VL - 409 UR - https://doi.org/10.1038/35057062 DO - 10.1038/35057062 ID - Lander2001 ER - TY - JOUR AU - Batzer, M. A. AU - Deininger, P. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Alu repeats and human genomic diversity JO - Nature Reviews Genetics VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nrg798 DO - 10.1038/nrg798 ID - Batzer2002 ER - TY - JOUR AU - Vassetzky, N. S. AU - Ten, O. A. AU - Kramerov, D. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - B1 and related SINEs in mammalian genomes JO - Gene VL - 319 UR - https://doi.org/10.1016/S0378-1119(03)00805-9 DO - 10.1016/S0378-1119(03)00805-9 ID - Vassetzky2003 ER - TY - JOUR AU - Deininger, P. L. AU - Batzer, M. A. AU - Hutchison, C. A. AU - Edgell, M. H. PY - 1992 DA - 1992// TI - Master genes in mammalian repetitive DNA amplification JO - Trends in Genetics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1016/0168-9525(92)90262-3 DO - 10.1016/0168-9525(92)90262-3 ID - Deininger1992 ER - TY - JOUR AU - Jurka, J. AU - Milosavljevic, A. PY - 1991 DA - 1991// TI - Reconstruction and analysis of human Alu genes JO - Journal of Molecular Evolution VL - 32 UR - https://doi.org/10.1007/BF02515383 DO - 10.1007/BF02515383 ID - Jurka1991 ER - TY - JOUR AU - Salem, A. H. AU - Ray, D. A. AU - Hedges, D. J. AU - Jurka, J. AU - Batzer, M. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Analysis of the human Alu Ye lineage JO - Bmc Evolutionary Biology VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-5-18 DO - 10.1186/1471-2148-5-18 ID - Salem2005 ER - TY - JOUR AU - Cordaux, R. AU - Hedges, D. J. AU - Batzer, M. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Retrotransposition of Alu elements: how many sources? JO - Trends in Genetics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2004.07.012 DO - 10.1016/j.tig.2004.07.012 ID - Cordaux2004 ER - TY - JOUR AU - Han, K. D. AU - Xing, J. C. AU - Wang, H. AU - Hedges, D. J. AU - Garber, R. K. AU - Cordaux, R. AU - Batzer, M. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Under the genomic radar: The Stealth model of Alu amplification JO - Genome Research VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3492605 DO - 10.1101/gr.3492605 ID - Han2005 ER - TY - JOUR AU - Hedges, D. J. AU - Cordaux, R. AU - Xing, J. C. AU - Witherspoon, D. J. AU - Rogers, A. R. AU - Jorde, L. B. AU - Batzer, M. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Modeling the amplification dynamics of human Alu retrotransposons JO - Plos Computational Biology VL - 1 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0010044 DO - 10.1371/journal.pcbi.0010044 ID - Hedges2005 ER - TY - JOUR AU - Xing, J. C. AU - Hedges, D. J. AU - Han, K. D. AU - Wang, H. AU - Cordaux, R. AU - Batzer, M. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Alu element mutation spectra: Molecular clocks and the effect of DNA methylation JO - Journal of Molecular Biology VL - 344 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2004.09.058 DO - 10.1016/j.jmb.2004.09.058 ID - Xing2004 ER - TY - JOUR AU - Price, A. L. AU - Eskin, E. AU - Pevzner, P. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Whole-genome analysis of Alu repeat elements reveals complex evolutionary history JO - Genome Research VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.2693004 DO - 10.1101/gr.2693004 ID - Price2004 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Madden, T. L. AU - Schaffer, A. A. AU - Zhang, J. H. AU - Zhang, Z. AU - Miller, W. AU - Lipman, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs JO - Nucleic Acids Research VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.17.3389 DO - 10.1093/nar/25.17.3389 ID - Altschul1997 ER - TY - JOUR AU - Jurka, J. AU - Krnjajic, M. AU - Kapitonov, V. V. AU - Stenger, J. E. AU - Kokhanyy, O. PY - 2002 DA - 2002// TI - Active Alu elements are passed primarily through paternal germlines JO - Theoretical Population Biology VL - 61 UR - https://doi.org/10.1006/tpbi.2002.1602 DO - 10.1006/tpbi.2002.1602 ID - Jurka2002 ER - TY - JOUR AU - Salem, A. H. AU - Kilroy, G. E. AU - Watkins, W. S. AU - Jorde, L. B. AU - Batzer, M. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Recently integrated Alu elements and human genomic diversity JO - Molecular Biology and Evolution VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msg150 DO - 10.1093/molbev/msg150 ID - Salem2003 ER - TY - JOUR AU - Jurka, J. AU - Kapitonov, V. V. AU - Pavlicek, A. AU - Klonowski, P. AU - Kohany, O. AU - Walichiewicz, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Repbase update, a database of eukaryotic repetitive elements JO - Cytogenetic and Genome Research VL - 110 UR - https://doi.org/10.1159/000084979 DO - 10.1159/000084979 ID - Jurka2005 ER - TY - JOUR AU - Kent, W. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - BLAT – The BLAST-like alignment tool JO - Genome Research VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.229202. Article published online before March 2002 DO - 10.1101/gr.229202. Article published online before March 2002 ID - Kent2002 ER - TY - JOUR AU - Chenna, R. AU - Sugawara, H. AU - Koike, T. AU - Lopez, R. AU - Gibson, T. J. AU - Higgins, D. G. AU - Thompson, J. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs JO - Nucleic Acids Research VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg500 DO - 10.1093/nar/gkg500 ID - Chenna2003 ER - TY - JOUR AU - Roy-Engel, A. M. AU - Carroll, M. L. AU - El-Sawy, M. AU - Salem, A. H. AU - Garber, R. K. AU - Nguyen, S. V. AU - Deininger, P. L. AU - Batzer, M. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Non-traditional Alu evolution and primate genomic diversity JO - Journal of Molecular Biology VL - 316 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.2001.5380 DO - 10.1006/jmbi.2001.5380 ID - Roy-Engel2002 ER - TY - JOUR AU - Zhi, D. G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Sequence correlation between neighboring Alu instances suggests post-retrotransposition sequence exchange due to Alu gene conversion JO - Gene VL - 390 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2006.09.030 DO - 10.1016/j.gene.2006.09.030 ID - Zhi2007 ER - TY - JOUR AU - Johanning, K. AU - Stevenson, C. A. AU - Oyeniran, O. O. AU - Gozal, Y. M. AU - Roy-Engel, A. M. AU - Jurka, J. AU - Deininger, P. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - Potential for retroposition by old Alu subfamilies JO - Journal of Molecular Evolution VL - 56 UR - https://doi.org/10.1007/s00239-002-2433-y DO - 10.1007/s00239-002-2433-y ID - Johanning2003 ER - TY - JOUR AU - Ackerman, H. AU - Udalova, I. AU - Hull, J. AU - Kwiatkowski, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Evolution of a polymorphic regulatory element in interferon-gamma through transposition and mutation JO - Molecular Biology and Evolution VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a004145 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004145 ID - Ackerman2002 ER - TY - JOUR AU - Glazko, G. V. AU - Nei, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Estimation of divergence times for major lineages of primate species JO - Molecular Biology and Evolution VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msg050 DO - 10.1093/molbev/msg050 ID - Glazko2003 ER - TY - JOUR AU - Mills, R. E. AU - Bennett, E. A. AU - Iskow, R. C. AU - Luttig, C. T. AU - Tsui, C. AU - Pittard, W. S. AU - Devine, S. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Recently mobilized Transposons in the human and chimpanzee Genomes JO - American Journal of Human Genetics VL - 78 UR - https://doi.org/10.1086/501028 DO - 10.1086/501028 ID - Mills2006 ER -