TY - JOUR AU - Koonin, E. V. PY - 2006 DA - 2006// TI - The origin of introns and their role in eukaryogenesis: a compromise solution to the introns-early versus introns-late debate? JO - Biol Direct VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/1745-6150-1-22 DO - 10.1186/1745-6150-1-22 ID - Koonin2006 ER - TY - JOUR AU - Roy, S. W. AU - Gilbert, W. PY - 2006 DA - 2006// TI - The evolution of spliceosomal introns: patterns, puzzles and progress JO - Nat Rev Genet VL - 7 ID - Roy2006 ER - TY - JOUR AU - Collins, L. AU - Penny, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Complex spliceosomal organization ancestral to extant eukaryotes JO - Mol Biol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msi091 DO - 10.1093/molbev/msi091 ID - Collins2005 ER - TY - JOUR AU - Coulombe-Huntington, J. AU - Majewski, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Characterization of intron loss events in mammals JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5703406 DO - 10.1101/gr.5703406 ID - Coulombe-Huntington2007 ER - TY - JOUR AU - Loh, Y. H. AU - Brenner, S. AU - Venkatesh, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Investigation of loss and gain of introns in the compact genomes of pufferfishes (Fugu and Tetraodon) JO - Mol Biol Evol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msm278 DO - 10.1093/molbev/msm278 ID - Loh2008 ER - TY - JOUR AU - Frugoli, J. A. AU - McPeek, M. A. AU - Thomas, T. L. AU - McClung, C. R. PY - 1998 DA - 1998// TI - Intron loss and gain during evolution of the catalase gene family in angiosperms JO - Genetics VL - 149 ID - Frugoli1998 ER - TY - JOUR AU - Omilian, A. R. AU - Scofield, D. G. AU - Lynch, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Intron presence-absence polymorphisms in Daphnia JO - Mol Biol Evol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msn164 DO - 10.1093/molbev/msn164 ID - Omilian2008 ER - TY - JOUR AU - Gladyshev, E. A. AU - Meselson, M. AU - Arkhipova, I. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Massive horizontal gene transfer in bdelloid rotifers JO - Science VL - 320 UR - https://doi.org/10.1126/science.1156407 DO - 10.1126/science.1156407 ID - Gladyshev2008 ER - TY - JOUR AU - Rogers, J. H. PY - 1989 DA - 1989// TI - How were introns inserted into nuclear genes? JO - Trends Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1016/0168-9525(89)90084-X DO - 10.1016/0168-9525(89)90084-X ID - Rogers1989 ER - TY - JOUR AU - Rodríguez-Trelles, F. AU - Tarrío, R. AU - Ayala, F. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Models of spliceosomal intron proliferation in the face of widespread ectopic expression JO - Gene VL - 366 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2005.09.004 DO - 10.1016/j.gene.2005.09.004 ID - Rodríguez-Trelles2006 ER - TY - JOUR AU - Tarrío, R. AU - Ayala, F. J. AU - Rodríguez-Trelles, F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Alternative splicing: a missing piece in the puzzle of intron gain JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0802941105 DO - 10.1073/pnas.0802941105 ID - Tarrío2008 ER - TY - JOUR AU - Silverman, G. A. AU - Bird, P. I. AU - Carrell, R. W. AU - Church, F. C. AU - Coughlin, P. B. AU - Gettins, P. G. AU - Irving, J. A. AU - Lomas, D. A. AU - Luke, C. J. AU - Moyer, R. W. AU - Pemberton, P. A. AU - Remold-O'Donnell, E. AU - Salvesen, G. S. AU - Travis, J. AU - Whisstock, J. C. PY - 2001 DA - 2001// TI - The serpins are an expanding superfamily of structurally similar but functionally diverse proteins. Evolution, mechanism of inhibition, novel functions, and a revised nomenclature JO - J Biol Chem VL - 276 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.R100016200 DO - 10.1074/jbc.R100016200 ID - Silverman2001 ER - TY - JOUR AU - Ragg, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - The role of serpins in the surveillance of the secretory pathway JO - Cell Mol Life Sci VL - 64 UR - https://doi.org/10.1007/s00018-007-7157-0 DO - 10.1007/s00018-007-7157-0 ID - Ragg2007 ER - TY - JOUR AU - Zang, X. AU - Maizels, R. M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Serine proteinase inhibitors from nematodes and the arms race between host and pathogen JO - Trends Biochem Sci VL - 26 UR - https://doi.org/10.1016/S0968-0004(00)01761-8 DO - 10.1016/S0968-0004(00)01761-8 ID - Zang2001 ER - TY - JOUR AU - Barbour, K. W. AU - Goodwin, R. L. AU - Guillonneau, F. AU - Wang, Y. AU - Baumann, H. AU - Berger, F. G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Functional diversification during evolution of the murine α1-proteinase inhibitor family: role of the hypervariable reactive center loop JO - Mol Biol Evol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a004130 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004130 ID - Barbour2002 ER - TY - JOUR AU - Forsyth, S. AU - Horvath, A. AU - Coughlin, P. PY - 2003 DA - 2003// TI - A review and comparison of the murine α 1-antitrypsin and α1-antichymotrypsin multigene clusters with the human clade A serpins JO - Genomics VL - 81 UR - https://doi.org/10.1016/S0888-7543(02)00041-1 DO - 10.1016/S0888-7543(02)00041-1 ID - Forsyth2003 ER - TY - JOUR AU - Benarafa, C. AU - Remold-O'Donnell, E. PY - 2005 DA - 2005// TI - The ovalbumin serpins revisited: Perspective from the chicken genome of clade B serpin evolution in vertebrates JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0502934102 DO - 10.1073/pnas.0502934102 ID - Benarafa2005 ER - TY - JOUR AU - Raible, F. AU - Tessmar-Raible, K. AU - Osoegawa, K. AU - Wincker, P. AU - Jubin, C. AU - Balavoine, G. AU - Ferrier, D. AU - Benes, V. AU - de Jong, P. AU - Weissenbach, J. AU - Bork, P. AU - Arendt, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Vertebrate-type intron-rich genes in the marine annelid Platynereis dumerilii JO - Science VL - 310 UR - https://doi.org/10.1126/science.1119089 DO - 10.1126/science.1119089 ID - Raible2005 ER - TY - JOUR AU - Putnam, N. H. AU - Srivastava, M. AU - Hellsten, U. AU - Dirks, B. AU - Chapman, J. AU - Salamov, A. AU - Terry, A. AU - Shapiro, H. AU - Lindquist, E. AU - Kapitonov, V. V. AU - Jurka, J. AU - Genikhovich, G. AU - Grigoriev, I. V. AU - Lucas, S. M. AU - Steele, R. E. AU - Finnerty, J. R. AU - Technau, U. AU - Martindale, M. Q. AU - Rokhsar, D. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Sea anemone genome reveals ancestral eumetazoan gene repertoire and genomic organization JO - Science VL - 317 UR - https://doi.org/10.1126/science.1139158 DO - 10.1126/science.1139158 ID - Putnam2007 ER - TY - JOUR AU - Bentele, C. AU - Krüger, O. AU - Tödtmann, U. AU - Oley, M. AU - Ragg, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - A proprotein convertase-inhibiting serpin with an ER targeting signal from Branchiostoma lanceolatum, a close relative of vertebrates JO - Biochem J VL - 395 UR - https://doi.org/10.1042/BJ20051947 DO - 10.1042/BJ20051947 ID - Bentele2006 ER - TY - JOUR AU - Kumar, A. AU - Ragg, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Ancestry and evolution of a secretory pathway serpin JO - BMC Evol Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-8-250 DO - 10.1186/1471-2148-8-250 ID - Kumar2008 ER - TY - JOUR AU - Ragg, H. AU - Lokot, T. AU - Kamp, P. B. AU - Atchley, W. R. AU - Dress, A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Vertebrate serpins: construction of a conflict-free phylogeny by combining exon-intron and diagnostic site analyses JO - Mol Biol Evol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a003838 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a003838 ID - Ragg2001 ER - TY - JOUR AU - Putnam, N. H. AU - Butts, T. AU - Ferrier, D. E. AU - Furlong, R. F. AU - Hellsten, U. AU - Kawashima, T. AU - Robinson-Rechavi, M. AU - Shoguchi, E. AU - Terry, A. AU - Yu, J. K. AU - Benito-Gutiérrez, E. L. AU - Dubchak, I. AU - Garcia-Fernàndez, J. AU - Gibson-Brown, J. J. AU - Grigoriev, I. V. AU - Horton, A. C. AU - de Jong, P. J. AU - Jurka, J. AU - Kapitonov, V. V. AU - Kohara, Y. AU - Kuroki, Y. AU - Lindquist, E. AU - Lucas, S. AU - Osoegawa, K. AU - Pennacchio, L. A. AU - Salamov, A. A. AU - Satou, Y. AU - Sauka-Spengler, T. AU - Schmutz, J. AU - Shin-I, T. AU - Toyoda, A. AU - Bronner-Fraser, M. AU - Fujiyama, A. AU - Holland, L. Z. AU - Holland, P. W. AU - Satoh, N. AU - Rokhsar, D. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - The amphioxus genome and the evolution of the chordate karyotype JO - Nature VL - 453 UR - https://doi.org/10.1038/nature06967 DO - 10.1038/nature06967 ID - Putnam2008 ER - TY - JOUR AU - Kobori, H. AU - Nangaku, M. AU - Navar, L. G. AU - Nishiyama, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - The intrarenal renin-angiotensin system: from physiology to the pathobiology of hypertension and kidney disease JO - Pharmacol Rev VL - 59 UR - https://doi.org/10.1124/pr.59.3.3 DO - 10.1124/pr.59.3.3 ID - Kobori2007 ER - TY - JOUR AU - Ragg, H. AU - Ulshöfer, T. AU - Gerewitz, J. PY - 1990 DA - 1990// TI - On the activation of human leuserpin-2, a thrombin inhibitor, by glycosaminoglycans JO - J Biol Chem VL - 265 ID - Ragg1990 ER - TY - JOUR AU - Westrup, D. AU - Ragg, H. PY - 1994 DA - 1994// TI - Secondary thrombin-binding site, glycosaminoglycan binding domain and reactive center region of leuserpin-2 are strongly conserved in mammalian species JO - Biochim Biophys Acta VL - 1217 UR - https://doi.org/10.1016/0167-4781(94)90130-9 DO - 10.1016/0167-4781(94)90130-9 ID - Westrup1994 ER - TY - JOUR AU - Nagata, K. PY - 2003 DA - 2003// TI - HSP47 as a collagen-specific molecular chaperone: function and expression in normal mouse development JO - Semin Cell Dev Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/j.semcdb.2003.09.020 DO - 10.1016/j.semcdb.2003.09.020 ID - Nagata2003 ER - TY - JOUR AU - Gess, R. W. AU - Coates, M. I. AU - Rubidge, B. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - A lamprey from the Devonian period of South Africa JO - Nature VL - 443 UR - https://doi.org/10.1038/nature05150 DO - 10.1038/nature05150 ID - Gess2006 ER - TY - JOUR AU - Ragg, H. AU - Preibisch, G. PY - 1988 DA - 1988// TI - Structure and expression of the gene coding for the human serpin hLS2 JO - J Biol Chem VL - 263 ID - Ragg1988 ER - TY - JOUR AU - Kamp, P. B. AU - Ragg, H. PY - 1999 DA - 1999// TI - Rapid changes in the exon/intron structure of a mammalian thrombin inhibitor gene JO - Gene VL - 229 UR - https://doi.org/10.1016/S0378-1119(99)00036-0 DO - 10.1016/S0378-1119(99)00036-0 ID - Kamp1999 ER - TY - JOUR AU - Jaillon, O. AU - Aury, J. M. AU - Brunet, F. AU - Petit, J. L. AU - Stange-Thomann, N. AU - Mauceli, E. AU - Bouneau, L. AU - Fischer, C. AU - Ozouf-Costaz, C. AU - Bernot, A. AU - Nicaud, S. AU - Jaffe, D. AU - Fisher, S. AU - Lutfalla, G. AU - Dossat, C. AU - Segurens, B. AU - Dasilva, C. AU - Salanoubat, M. AU - Levy, M. AU - Boudet, N. AU - Castellano, S. AU - Anthouard, V. AU - Jubin, C. AU - Castelli, V. AU - Katinka, M. AU - Vacherie, B. AU - Biémont, C. AU - Skalli, Z. AU - Cattolico, L. AU - Poulain, J. AU - De Berardinis, V. AU - Cruaud, C. AU - Duprat, S. AU - Brottier, P. AU - Coutanceau, J. P. AU - Gouzy, J. AU - Parra, G. AU - Lardier, G. AU - Chapple, C. AU - McKernan, K. J. AU - McEwan, P. AU - Bosak, S. AU - Kellis, M. AU - Volff, J. N. AU - Guigó, R. AU - Zody, M. C. AU - Mesirov, J. AU - Lindblad-Toh, K. AU - Birren, B. AU - Nusbaum, C. AU - Kahn, D. AU - Robinson-Rechavi, M. AU - Laudet, V. AU - Schachter, V. AU - Quétier, F. AU - Saurin, W. AU - Scarpelli, C. AU - Wincker, P. AU - Lander, E. S. AU - Weissenbach, J. AU - Roest Crollius, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genome duplication in the teleost fish Tetraodon nigroviridisreveals the early vertebrate proto-karyotype JO - Nature VL - 431 UR - https://doi.org/10.1038/nature03025 DO - 10.1038/nature03025 ID - Jaillon2004 ER - TY - JOUR AU - Meyer, A. AU - Peer, Y. V. a. n. d. e. PY - 2005 DA - 2005// TI - From 2R to 3R: evidence for a fish-specific genome duplication (FSGD) JO - Bioessays VL - 27 UR - https://doi.org/10.1002/bies.20293 DO - 10.1002/bies.20293 ID - Meyer2005 ER - TY - JOUR AU - Aparicio, S. AU - Chapman, J. AU - Stupka, E. AU - Putnam, N. AU - Chia, J. M. AU - Dehal, P. AU - Christoffels, A. AU - Rash, S. AU - Hoon, S. AU - Smit, A. AU - Gelpke, M. D. AU - Roach, J. AU - Oh, T. AU - Ho, I. Y. AU - Wong, M. AU - Detter, C. AU - Verhoef, F. AU - Predki, P. AU - Tay, A. AU - Lucas, S. AU - Richardson, P. AU - Smith, S. F. AU - Clark, M. S. AU - Edwards, Y. J. AU - Doggett, N. AU - Zharkikh, A. AU - Tavtigian, S. V. AU - Pruss, D. AU - Barnstead, M. AU - Evans, C. AU - Baden, H. AU - Powell, J. AU - Glusman, G. AU - Rowen, L. AU - Hood, L. AU - Tan, Y. H. AU - Elgar, G. AU - Hawkins, T. AU - Venkatesh, B. AU - Rokhsar, D. AU - Brenner, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Whole-genome shotgun assembly and analysis of the genome of Fugu rubripes JO - Science VL - 297 UR - https://doi.org/10.1126/science.1072104 DO - 10.1126/science.1072104 ID - Aparicio2002 ER - TY - JOUR AU - Dibb, N. J. AU - Newman, A. J. PY - 1989 DA - 1989// TI - Evidence that introns arose at proto-splice sites JO - EMBO J VL - 8 ID - Dibb1989 ER - TY - JOUR AU - Sverdlov, A. V. AU - Rogozin, I. B. AU - Babenko, V. N. AU - Koonin, E. V. PY - 2004 DA - 2004// TI - Reconstruction of ancestral protosplice sites JO - Curr Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/j.cub.2004.08.027 DO - 10.1016/j.cub.2004.08.027 ID - Sverdlov2004 ER - TY - JOUR AU - Figueroa, F. AU - Ono, H. AU - Tichy, H. AU - O'Huigin, C. AU - Klein, J. PY - 1995 DA - 1995// TI - Evidence for insertion of a new intron into an Mhc gene of perch-like fish JO - Proc Biol Sci VL - 259 UR - https://doi.org/10.1098/rspb.1995.0048 DO - 10.1098/rspb.1995.0048 ID - Figueroa1995 ER - TY - JOUR AU - Venkatesh, B. AU - Ning, Y. AU - Brenner, S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Late changes in spliceosomal introns define clades in vertebrate evolution JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 96 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.96.18.10267 DO - 10.1073/pnas.96.18.10267 ID - Venkatesh1999 ER - TY - JOUR AU - Schiöth, H. B. AU - Haitina, T. AU - Fridmanis, D. AU - Klovins, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Unusual genomic structure: melanocortin receptors in Fugu JO - Ann NY Acad Sci VL - 1040 UR - https://doi.org/10.1196/annals.1327.090 DO - 10.1196/annals.1327.090 ID - Schiöth2005 ER - TY - JOUR AU - Moriyama, S. AU - Oda, M. AU - Yamazaki, T. AU - Yamaguchi, K. AU - Amiya, N. AU - Takahashi, A. AU - Amano, M. AU - Goto, T. AU - Nozaki, M. AU - Meguro, H. AU - Kawauchi, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Gene structure and functional characterization of growth hormone in dogfish, Squalus acanthias JO - Zoolog Sci VL - 25 UR - https://doi.org/10.2108/zsj.25.604 DO - 10.2108/zsj.25.604 ID - Moriyama2008 ER - TY - JOUR AU - Ponting, C. P. PY - 2008 DA - 2008// TI - The functional repertoires of metazoan genomes JO - Nat Rev Genet VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2413 DO - 10.1038/nrg2413 ID - Ponting2008 ER - TY - JOUR AU - Irimia, M. AU - Rukov, J. L. AU - Penny, D. AU - Vinther, J. AU - Garcia-Fernandez, J. AU - Roy, S. W. PY - 2008 DA - 2008// TI - Origin of introns by 'intronization' of exonic sequences JO - Trends Genet VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2008.05.007 DO - 10.1016/j.tig.2008.05.007 ID - Irimia2008 ER - TY - JOUR AU - Sverdlov, A. V. AU - Babenko, V. N. AU - Rogozin, I. B. AU - Koonin, E. V. PY - 2004 DA - 2004// TI - Preferential loss and gain of introns in 3' portions of genes suggests a reverse-transcription mechanism of intron insertion JO - Gene VL - 338 UR - https://doi.org/10.1016/j.gene.2004.05.027 DO - 10.1016/j.gene.2004.05.027 ID - Sverdlov2004 ER - TY - JOUR AU - Volff, J. N. AU - Bouneau, L. AU - Ozouf-Costaz, C. AU - Fischer, C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Diversity of retrotransposable elements in compact pufferfish genomes JO - Trends Genet VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2003.10.006 DO - 10.1016/j.tig.2003.10.006 ID - Volff2003 ER - TY - JOUR AU - Volff, J. N. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome evolution and biodiversity in teleost fish JO - Heredity VL - 94 UR - https://doi.org/10.1038/sj.hdy.6800635 DO - 10.1038/sj.hdy.6800635 ID - Volff2005 ER - TY - JOUR AU - Zhuo, D. AU - Madden, R. AU - Elela, S. A. AU - Chabot, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Modern origin of numerous alternatively spliced human introns from tandem arrays JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0604777104 DO - 10.1073/pnas.0604777104 ID - Zhuo2007 ER - TY - JOUR AU - Hinegardner, R. PY - 1968 DA - 1968// TI - Evolution of cellular DNA content in teleost fishes JO - American Nat VL - 102 UR - https://doi.org/10.1086/282564 DO - 10.1086/282564 ID - Hinegardner1968 ER - TY - JOUR AU - Vandepoele, K. AU - De Vos, W. AU - Taylor, J. S. AU - Meyer, A. AU - Peer, Y. V. a. n. d. e. PY - 2004 DA - 2004// TI - Major events in the genome evolution of vertebrates: paranome age and size differ considerably between ray-finned fishes and land vertebrates JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0307968100 DO - 10.1073/pnas.0307968100 ID - Vandepoele2004 ER - TY - CHAP AU - Gregory, T. R. PY - 2008 DA - 2008// BT - Animal Genome Size Database ID - Gregory2008 ER - TY - JOUR AU - Babenko, V. N. AU - Rogozin, I. B. AU - Mekhedov, S. L. AU - Koonin, E. V. PY - 2004 DA - 2004// TI - Prevalence of intron gain over intron loss in the evolution of paralogous gene families JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh686 DO - 10.1093/nar/gkh686 ID - Babenko2004 ER - TY - JOUR AU - Roy, S. W. AU - Penny, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - On the incidence of intron loss and gain in paralogous gene families JO - Mol Biol Evol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msm082 DO - 10.1093/molbev/msm082 ID - Roy2007 ER - TY - JOUR AU - Krüger, O. AU - Ladewig, J. AU - Köster, K. AU - Ragg, H. PY - 2002 DA - 2002// TI - Widespread occurrence of serpin genes with multiple reactive centre-containing exon cassettes in insects and nematodes JO - Gene VL - 293 UR - https://doi.org/10.1016/S0378-1119(02)00697-2 DO - 10.1016/S0378-1119(02)00697-2 ID - Krüger2002 ER - TY - JOUR PY - 2004 DA - 2004// TI - Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution JO - Nature VL - 432 UR - https://doi.org/10.1038/nature03154 DO - 10.1038/nature03154 ID - ref52 ER - TY - STD TI - US DOE Joint Genome Institute. [http://genome.jgi-psf.org/Xentr4/Xentr4.home.html] UR - http://genome.jgi-psf.org/Xentr4/Xentr4.home.html ID - ref53 ER - TY - STD TI - Danio rerio Sequencing Group at the Sanger Institute. [http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/mapping.shtml] UR - http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/mapping.shtml ID - ref54 ER - TY - STD TI - The Broad Institute. [http://www.broad.mit.edu/] UR - http://www.broad.mit.edu/ ID - ref55 ER - TY - JOUR AU - Kasahara, M. AU - Naruse, K. AU - Sasaki, S. AU - Nakatani, Y. AU - Qu, W. AU - Ahsan, B. AU - Yamada, T. AU - Nagayasu, Y. AU - Doi, K. AU - Kasai, Y. AU - Jindo, T. AU - Kobayashi, D. AU - Shimada, A. AU - Toyoda, A. AU - Kuroki, Y. AU - Fujiyama, A. AU - Sasaki, T. AU - Shimizu, A. AU - Asakawa, S. AU - Shimizu, N. AU - Hashimoto, S. AU - Yang, J. AU - Lee, Y. AU - Matsushima, K. AU - Sugano, S. AU - Sakaizumi, M. AU - Narita, T. AU - Ohishi, K. AU - Haga, S. AU - Ohta, F. AU - Nomoto, H. AU - Nogata, K. AU - Morishita, T. AU - Endo, T. AU - Shin-I, T. AU - Takeda, H. AU - Morishita, S. AU - Kohara, Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - The medaka draft genome and insights into vertebrate genome evolution JO - Nature VL - 447 UR - https://doi.org/10.1038/nature05846 DO - 10.1038/nature05846 ID - Kasahara2007 ER - TY - JOUR AU - Flicek, P. AU - Aken, B. L. AU - Beal, K. AU - Ballester, B. AU - Caccamo, M. AU - Chen, Y. AU - Clarke, L. AU - Coates, G. AU - Cunningham, F. AU - Cutts, T. AU - Down, T. AU - Dyer, S. C. AU - Eyre, T. AU - Fitzgerald, S. AU - Fernandez-Banet, J. AU - Gräf, S. AU - Haider, S. AU - Hammond, M. AU - Holland, R. AU - Howe, K. L. AU - Howe, K. AU - Johnson, N. AU - Jenkinson, A. AU - Kähäri, A. AU - Keefe, D. AU - Kokocinski, F. AU - Kulesha, E. AU - Lawson, D. AU - Longden, I. AU - Megy, K. AU - Meidl, P. AU - Overduin, B. AU - Parker, A. AU - Pritchard, B. AU - Prlic, A. AU - Rice, S. AU - Rios, D. AU - Schuster, M. AU - Sealy, I. AU - Slater, G. AU - Smedley, D. AU - Spudich, G. AU - Trevanion, S. AU - Vilella, A. J. AU - Vogel, J. AU - White, S. AU - Wood, M. AU - Birney, E. AU - Cox, T. AU - Curwen, V. AU - Durbin, R. AU - Fernandez-Suarez, X. M. AU - Herrero, J. AU - Hubbard, T. J. AU - Kasprzyk, A. AU - Proctor, G. AU - Smith, J. AU - Ureta-Vidal, A. AU - Searle, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Ensembl 2008 JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm988 DO - 10.1093/nar/gkm988 ID - Flicek2008 ER - TY - STD TI - Genome Sequencing Center at Washington University School of Medicine, St. Louis. [http://genome.wustl.edu/] UR - http://genome.wustl.edu/ ID - ref58 ER - TY - JOUR AU - Karolchik, D. AU - Kuhn, R. M. AU - Baertsch, R. AU - Barber, G. P. AU - Clawson, H. AU - Diekhans, M. AU - Giardine, B. AU - Harte, R. A. AU - Hinrichs, A. S. AU - Hsu, F. AU - Kober, K. M. AU - Miller, W. AU - Pedersen, J. S. AU - Pohl, A. AU - Raney, B. J. AU - Rhead, B. AU - Rosenbloom, K. R. AU - Smith, K. E. AU - Stanke, M. AU - Thakkapallayil, A. AU - Trumbower, H. AU - Wang, T. AU - Zweig, A. S. AU - Haussler, D. AU - Kent, W. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - The UCSC Genome Browser Database: 2008 update JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm966 DO - 10.1093/nar/gkm966 ID - Karolchik2008 ER - TY - JOUR AU - Birney, E. AU - Clamp, M. AU - Durbin, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - GeneWise and Genomewise JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1865504 DO - 10.1101/gr.1865504 ID - Birney2004 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. D. AU - Gibson, T. J. AU - Plewniak, F. AU - Jeanmougin, F. AU - Higgins, D. G. PY - 1997 DA - 1997// TI - The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.24.4876 DO - 10.1093/nar/25.24.4876 ID - Thompson1997 ER - TY - JOUR AU - Kohany, O. AU - Gentles, A. J. AU - Hankus, L. AU - Jurka, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Annotation, submission and screening of repetitive elements in Repbase: RepbaseSubmitter and Censor JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-474 DO - 10.1186/1471-2105-7-474 ID - Kohany2006 ER - TY - JOUR AU - Saitou, N. AU - Nei, M. PY - 1987 DA - 1987// TI - The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees JO - Mol Biol Evol VL - 4 ID - Saitou1987 ER - TY - JOUR AU - Tamura, K. AU - Dudley, J. AU - Nei, M. AU - Kumar, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0 JO - Mol Biol Evol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msm092 DO - 10.1093/molbev/msm092 ID - Tamura2007 ER -