TY - JOUR AU - Simpson, G. G. PY - 1945 DA - 1945// TI - The principles of classification and a classification of mammals JO - Bull Am Mus Nat Hist VL - 85 ID - Simpson1945 ER - TY - JOUR AU - Loose, H. PY - 1975 DA - 1975// TI - Pleistocene Rhinocerotidae of W. Europe with reference to the recent two-horned species of Africa and S.E. Asia JO - Scripta Geol VL - 33 ID - Loose1975 ER - TY - JOUR AU - Groves, C. P. PY - 1983 DA - 1983// TI - Phylogeny of the living species of Rhinoceros JO - Zeit Zool Syst Evol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1111/j.1439-0469.1983.tb00297.x DO - 10.1111/j.1439-0469.1983.tb00297.x ID - Groves1983 ER - TY - JOUR AU - Guérin, C. PY - 1982 DA - 1982// TI - Les Rhinocerotidae (Mammalia, Perissodactyla) du Miocene terminal au Pleistocene superieur d'Europe occidentale compares aux especes actuelles: Tendances evolutives et relations phyletiques JO - Geobios VL - 15 UR - https://doi.org/10.1016/S0016-6995(82)80077-6 DO - 10.1016/S0016-6995(82)80077-6 ID - Guérin1982 ER - TY - CHAP AU - Prothero, D. R. AU - Scoch, R. M. PY - 1989 DA - 1989// BT - The Evolution of Perissodactyls PB - Oxford University Press CY - New York ID - Prothero1989 ER - TY - JOUR AU - Cerdeño, E. PY - 1995 DA - 1995// TI - Cladistic analysis of the family Rhinocerotidae (Perissodactyla) JO - Am Mus Nov VL - 3134 ID - Cerdeño1995 ER - TY - JOUR AU - Morales, J. C. AU - Melnick, D. J. PY - 1994 DA - 1994// TI - Molecular systematics of the living rhinoceros JO - Mol Phylogenet Evol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1006/mpev.1994.1015 DO - 10.1006/mpev.1994.1015 ID - Morales1994 ER - TY - JOUR AU - Tougard, C. AU - Delefosse, T. AU - Hanni, C. AU - Montgelard, C. PY - 2001 DA - 2001// TI - Phylogenetic relationships of the five extant rhinoceros species (Rhinocerotidae, Perissodactyla) based on mitochondrial cytochrome b and 12S rRNA genes JO - Mol Phylogenet Evol VL - 19 ID - Tougard2001 ER - TY - JOUR AU - Orlando, L. AU - Leonard, J. A. AU - Thenot, A. AU - Laudet, V. AU - Guerin, C. AU - Hanni, C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Ancient DNA analysis reveals woolly rhino evolutionary relationships JO - Mol Phylogenet Evol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1016/S1055-7903(03)00023-X DO - 10.1016/S1055-7903(03)00023-X ID - Orlando2003 ER - TY - JOUR AU - Cao, Y. AU - Adachi, J. AU - Janke, A. AU - Pääbo, S. AU - Hasegawa, M. PY - 1994 DA - 1994// TI - Phylogenetic relationships among eutherian orders estimated from inferred sequences of mitochondrial proteins: Instability of a tree based on a single gene JO - J Mol Evol VL - 39 UR - https://doi.org/10.1007/BF00173421 DO - 10.1007/BF00173421 ID - Cao1994 ER - TY - JOUR AU - Rohland, N. AU - Malaspinas, A. -. S. AU - Pollack, J. L. AU - Slatkin, M. AU - Matheus, P. AU - Hofreiter, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Proboscidean mitogenomics: Chronology and mode of elephant evolution using mastodon as outgroup JO - PLoS Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0050207 DO - 10.1371/journal.pbio.0050207 ID - Rohland2007 ER - TY - JOUR AU - Cummings, M. P. AU - Otto, S. P. AU - Wakeley, J. PY - 1995 DA - 1995// TI - Sampling properties of DNA sequence data in phylogenetic analysis JO - Mol Biol Evol VL - 12 ID - Cummings1995 ER - TY - JOUR AU - Gilbert, M. T. P. AU - Tomsho, L. P. AU - Rendulic, S. AU - Packard, M. AU - Drautz, D. I. AU - Sher, A. AU - Tikhonov, A. AU - Dalén, L. AU - Kuznetsova, T. AU - Kosintsev, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Whole-genome shotgun sequencing of mitochondria from ancient hair shafts JO - Science VL - 317 UR - https://doi.org/10.1126/science.1146971 DO - 10.1126/science.1146971 ID - Gilbert2007 ER - TY - JOUR AU - Gilbert, M. T. P. AU - Drautz, D. I. AU - Lesk, A. M. AU - Ho, S. Y. W. AU - Qi, J. AU - Ratan, A. AU - Hsu, C. -. H. AU - Sher, A. AU - Dalén, L. AU - Götherström, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Intraspecific phylogenetic analysis of Siberian woolly mammoths using complete mitochondrial genomes JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0802315105 DO - 10.1073/pnas.0802315105 ID - Gilbert2008 ER - TY - JOUR AU - Gilbert, M. T. P. AU - Kivisild, T. AU - Grønnow, B. AU - Andersen, P. K. AU - Metspalu, E. AU - Reidla, M. AU - Tamm, E. AU - Axelsson, E. AU - Götherström, A. AU - Campos, P. F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Paleo-Eskimo MtDNA genome reveals matrilineal discontinuity in Greenland JO - Science VL - 320 UR - https://doi.org/10.1126/science.1159750 DO - 10.1126/science.1159750 ID - Gilbert2008 ER - TY - JOUR AU - Xu, X. AU - Arnason, U. PY - 1997 DA - 1997// TI - The complete mitochondrial DNA sequence of the white rhinoceros, Ceratotherium simum, and comparison with the mtDNA sequence of the Indian rhinoceros, Rhinoceros unicornis JO - Mol Phylogenet Evol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1006/mpev.1996.0385 DO - 10.1006/mpev.1996.0385 ID - Xu1997 ER - TY - JOUR AU - Xu, X. AU - Janke, A. AU - Arnason, U. PY - 1996 DA - 1996// TI - The complete mitochondrial DNA sequence of the greater Indian rhinoceros, Rhinoceros unicornis, and the Phylogenetic relationship among Carnivora, Perissodactyla, and Artiodactyla (+ Cetacea) JO - Mol Biol Evol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a025681 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025681 ID - Xu1996 ER - TY - JOUR AU - da Fonseca, R. R. AU - Johnson, W. E. AU - O'Brien, S. J. AU - Ramos, M. J. AU - Antunes, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - The adaptive evolution of the mammalian mitochondrial genome JO - BMC Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-119 DO - 10.1186/1471-2164-9-119 ID - da Fonseca2008 ER - TY - JOUR AU - Jobson, R. W. AU - Nielsen, R. AU - Laakkonen, L. AU - Wikstrom, M. AU - Albert, V. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Adaptive evolution of cytochrome c oxidase: Infrastructure for a carnivorous plant radiation JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0408092101 DO - 10.1073/pnas.0408092101 ID - Jobson2004 ER - TY - JOUR AU - Dalziel, A. C. AU - Moyes, C. D. AU - Fredriksson, E. AU - C, L. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Molecular evolution of cytochrome c oxidase in high-performance fish (teleostei: Scombroidei) JO - J Mol Evol VL - 62 UR - https://doi.org/10.1007/s00239-005-0110-7 DO - 10.1007/s00239-005-0110-7 ID - Dalziel2006 ER - TY - JOUR AU - Rankinen, T. AU - Bray, M. S. AU - Hagberg, J. M. AU - Perusse, L. AU - Roth, S. M. AU - Wolfarth, B. AU - Bouchard, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - The human gene map for performance and health-related fitness phenotypes: the 2005 update JO - Med Sci Sports Exer VL - 38 UR - https://doi.org/10.1249/01.mss.0000233789.01164.4f DO - 10.1249/01.mss.0000233789.01164.4f ID - Rankinen2006 ER - TY - JOUR AU - Huang, L. S. AU - Cobessi, D. AU - Tung, E. Y. AU - Berry, E. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Binding of the respiratory chain inhibitor antimycin to the mitochondrial bc1 complex: a new crystal structure reveals an altered intramolecular hydrogen-bonding pattern JO - J Mol Biol VL - 351 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2005.05.053 DO - 10.1016/j.jmb.2005.05.053 ID - Huang2005 ER - TY - JOUR AU - Tsukihara, T. AU - Shimokata, K. AU - Katayama, Y. AU - Shimada, H. AU - Muramoto, K. AU - H, A. AU - Mochizuki, M. AU - Shinzawa-Itoh, K. AU - Yamashita, E. AU - Yao, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - The low-spin heme of cytochrome c oxidase as the driving element of the proton-pumping process JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.2635097100 DO - 10.1073/pnas.2635097100 ID - Tsukihara2003 ER - TY - JOUR AU - Cooper, A. AU - Lalueza-Fox, C. AU - Anderson, S. AU - Rambaut, A. AU - Austin, J. AU - Ward, R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Complete mitochondrial genome sequences of two extinct moas clarify ratite evolution JO - Nature VL - 409 UR - https://doi.org/10.1038/35055536 DO - 10.1038/35055536 ID - Cooper2001 ER - TY - JOUR AU - Haddrath, O. AU - Baker, A. J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Complete mitochondrial DNA genome sequences of extinct birds: ratite phylogenetics and the vicariance biogeography hypothesis JO - Proc R Soc Lond B VL - 268 UR - https://doi.org/10.1098/rspb.2001.1587 DO - 10.1098/rspb.2001.1587 ID - Haddrath2001 ER - TY - JOUR AU - Krause, J. AU - Dear, P. H. AU - Pollack, J. L. AU - Slatkin, M. AU - Spriggs, H. AU - Barnes, I. AU - Lister, A. M. AU - Ebersberger, I. AU - Pääbo, S. AU - Hofreiter, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Multiplex amplification of the mammoth mitochondrial genome and the evolution of Elephantidae JO - Nature VL - 439 UR - https://doi.org/10.1038/nature04432 DO - 10.1038/nature04432 ID - Krause2006 ER - TY - JOUR AU - Rogaev, E. I. AU - Moliaka, Y. K. AU - Malyarchuk, B. A. AU - Kondrashov, F. A. AU - Derenko, M. V. AU - Chumakov, I. AU - Grigorenko, A. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Complete mitochondrial genome and phylogeny of Pleistocene mammoth Mammuthus primigenius JO - PLoS Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040073 DO - 10.1371/journal.pbio.0040073 ID - Rogaev2006 ER - TY - JOUR AU - Yang, H. AU - M, G. E. AU - Shoshani, J. PY - 1996 DA - 1996// TI - Phylogenetic resolution within the Elephantidae using fossil DNA sequence from the American mastodon (Mammut americanum) as an outgroup JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 93 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.93.3.1190 DO - 10.1073/pnas.93.3.1190 ID - Yang1996 ER - TY - JOUR AU - Ozawa, T. AU - Hayashi, S. AU - Mikhelson, V. M. PY - 1997 DA - 1997// TI - Phylogenetic position of mammoth and Steller's sea cow within Tethytheria demonstrated by mitochondrial DNA sequences JO - J Mol Evol VL - 44 UR - https://doi.org/10.1007/PL00006160 DO - 10.1007/PL00006160 ID - Ozawa1997 ER - TY - JOUR AU - Noro, M. AU - Masuda, R. AU - Dubrovo, I. A. AU - Yoshida, M. C. AU - Kato, M. PY - 1998 DA - 1998// TI - Molecular phylogenetic inference of the woolly mammoth Mammuthus primigenius, based on complete sequences of mitochondrial cytochrome b and 12S ribosomal RNA genes JO - J Mol Evol VL - 46 UR - https://doi.org/10.1007/PL00006308 DO - 10.1007/PL00006308 ID - Noro1998 ER - TY - JOUR AU - Greenwood, A. D. AU - Capelli, C. AU - Possnert, G. AU - Pääbo, S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Nuclear DNA sequences from late Pleistocene megafauna JO - Mol Biol Evol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026058 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026058 ID - Greenwood1999 ER - TY - JOUR AU - Debruyne, R. AU - Barriel, V. AU - Tassy, P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Mitochondrial cytochrome b of the Lyakhov mammoth (Proboscidea, Mammalia): new data and phylogenetic analyses of Elephantidae JO - Mol Phylogenet Evol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1016/S1055-7903(02)00292-0 DO - 10.1016/S1055-7903(02)00292-0 ID - Debruyne2003 ER - TY - JOUR AU - Thomas, M. G. AU - Hagelberg, E. AU - Jones, H. B. AU - Yang, Z. AU - Lister, A. M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Molecular and morphological evidence on the phylogeny of the Elephantidae JO - Proc R Soc Lond B VL - 267 UR - https://doi.org/10.1098/rspb.2000.1310 DO - 10.1098/rspb.2000.1310 ID - Thomas2000 ER - TY - JOUR AU - Shepherd, L. D. AU - Holland, B. R. AU - Perrie, L. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Conflict amongst chloroplast DNA sequences obscures the phylogeny of a group of Aspleniumferns JO - Mol Phylogenet Evol VL - 48 UR - https://doi.org/10.1016/j.ympev.2008.02.023 DO - 10.1016/j.ympev.2008.02.023 ID - Shepherd2008 ER - TY - CHAP AU - Miller, W. AU - Drautz, D. I. AU - Janecka, J. E. AU - Lesk, A. M. AU - Ratan, A. AU - Tomsho, L. P. AU - Packard, M. AU - Zhang, Y. AU - McClellan, L. R. AU - Qi, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - The mitochondrial genome sequence of the Tasmanian tiger (Thylacinus cynocephalus) BT - Genome Res ID - Miller2009 ER - TY - JOUR AU - Miller, W. AU - Drautz, D. I. AU - Ratan, A. AU - Pusey, B. AU - Qi, J. AU - Lesk, A. M. AU - Tomsho, L. P. AU - Packard, M. D. AU - Zhoa, F. AU - Sher, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Sequencing the nuclear genome of the extinct woolly mammoth JO - Nature VL - 456 UR - https://doi.org/10.1038/nature07446 DO - 10.1038/nature07446 ID - Miller2008 ER - TY - JOUR AU - Margulies, M. AU - Egholm, M. AU - Altman, W. E. AU - Attiya, S. AU - Bader, J. S. AU - Bemben, L. A. AU - Berka, J. AU - Braverman, M. S. AU - Chen, Y. J. AU - Chen, Z. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors JO - Nature VL - 437 ID - Margulies2005 ER - TY - JOUR AU - Xu, X. AU - Arnason, U. PY - 1994 DA - 1994// TI - The complete mitochondrial DNA sequence of the horse, Equus caballus: extensive heteroplasmy of the control region JO - Gene VL - 148 UR - https://doi.org/10.1016/0378-1119(94)90713-7 DO - 10.1016/0378-1119(94)90713-7 ID - Xu1994 ER - TY - STD TI - Janke A, Gullberg A, Harley EH, Xu X, Arnason U: The mitogenomic tree of mammalian orders. Unpublished ID - ref39 ER - TY - JOUR AU - Wuyts, J. AU - Perrière, G. AU - Peer, V. V. a. n. d. e. PY - 2004 DA - 2004// TI - The European ribosomal RNA database JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh065 DO - 10.1093/nar/gkh065 ID - Wuyts2004 ER - TY - JOUR AU - Huson, D. H. AU - Bryant, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Application of phylogenetic networks in evolutionary studies JO - Mol Biol Evol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msj030 DO - 10.1093/molbev/msj030 ID - Huson2006 ER - TY - JOUR AU - Bandelt, H. -. J. AU - Dress, A. W. M. PY - 1992 DA - 1992// TI - Split decomposition: A new and useful approach to phylogenetic analysis of distance data JO - Mol Phylogenet Evol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1016/1055-7903(92)90021-8 DO - 10.1016/1055-7903(92)90021-8 ID - Bandelt1992 ER - TY - JOUR AU - Huelsenbeck, J. P. AU - Ronquist, F. PY - 2001 DA - 2001// TI - MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.8.754 DO - 10.1093/bioinformatics/17.8.754 ID - Huelsenbeck2001 ER - TY - CHAP AU - Rambaut, A. AU - Drummond, A. J. PY - 2004 DA - 2004// BT - Tracer PB - University of Oxford CY - Oxford ID - Rambaut2004 ER - TY - CHAP AU - Swofford, D. L. PY - 2003 DA - 2003// BT - PAUP* Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods) PB - Sinauer Associates CY - Sunderland, Massachusetts ID - Swofford2003 ER - TY - JOUR AU - Shimodaira, H. AU - Hasegawa, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - CONSEL: for assessing the confidence of phylogenetic tree selection JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.12.1246 DO - 10.1093/bioinformatics/17.12.1246 ID - Shimodaira2001 ER - TY - CHAP AU - Shimodaira, H. PY - 2000 DA - 2000// BT - Another calculation of the p-value for the problem of regions using the scaled bootstrap resamplings ID - Shimodaira2000 ER - TY - JOUR AU - Kishino, H. AU - Hasegawa, M. PY - 1989 DA - 1989// TI - Evaluation of the maximum likelihood estimate of the evolutionary tree topologies from DNA sequence data, and the branching order in Hominoidea JO - J Mol Evol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1007/BF02100115 DO - 10.1007/BF02100115 ID - Kishino1989 ER - TY - JOUR AU - Shimodaira, H. AU - Hasegawa, M. PY - 1999 DA - 1999// TI - Multiple comparisons of log-likelihoods with applications to phylogenetic inference JO - Mol Biol Evol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026201 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026201 ID - Shimodaira1999 ER - TY - JOUR AU - Drummond, A. J. AU - Rambaut, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - BEAST: Bayesian evolutionary analysis by sampling trees JO - BMC Evol Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-7-214 DO - 10.1186/1471-2148-7-214 ID - Drummond2007 ER - TY - JOUR AU - Drummond, A. J. AU - Ho, S. Y. W. AU - Phillips, M. J. AU - Rambaut, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Relaxed phylogenetics and dating with confidence JO - PLoS Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040088 DO - 10.1371/journal.pbio.0040088 ID - Drummond2006 ER - TY - CHAP AU - Scoch, R. M. ED - Prothero, D. M. ED - Scoch, R. M. PY - 1989 DA - 1989// TI - A Review of the Tapiroids BT - The Evolution of Perissodactyls PB - Oxford University Press CY - New York ID - Scoch1989 ER - TY - JOUR AU - Benton, M. J. AU - Donoghue, P. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Paleontological evidence to date the tree of life JO - Mol Biol Evol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msl150 DO - 10.1093/molbev/msl150 ID - Benton2007 ER - TY - JOUR AU - Ho, S. Y. W. PY - 2007 DA - 2007// TI - Calibrating molecular estimates of substitution rates and divergence times in birds JO - J Avian Biol VL - 38 UR - https://doi.org/10.1111/j.0908-8857.2007.04168.x DO - 10.1111/j.0908-8857.2007.04168.x ID - Ho2007 ER - TY - CHAP AU - Carroll, R. L. ED - Carroll, R. L. PY - 1988 DA - 1988// TI - Ungulates, Edentates, and Whales BT - Vertebrate Paleontology and Evolution PB - W. H. Freeman and Co CY - New York ID - Carroll1988 ER -