Model | np | Parameter estimates (Proportion p, omega ω) | lnL | LRT pairs | df | 2ΔlnL | P | Positively selected sites (BEB) |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
site model | ||||||||
M0:one ratio | 106 | ω = 0.13223 | −28649.08 | M0/M3 | 4 | 0 | 1 |  |
Model M3:Discrete | 110 | p 0  = 0.00000 | −28649.08 |  |  |  |  |  |
p 1 = 0.00000 | ||||||||
p 2 = 1.00000 | ||||||||
ω 0 = 0.00000 | ||||||||
ω1 = 0.00000 | ||||||||
ω2 = 0.13223 | ||||||||
M1a(neutral) | 107 | p 0  = 0.00001 | −30002.75 | M1a/M2a | 2 | 86.44 | 0.00 |  |
p 1 = 0.99999 | ||||||||
ω0 = 0.00001 | ||||||||
ω1 = 1.00000 | ||||||||
Model 2a: Positive Selection | 109 | p 0  = 0.00000 | −29959.53 |  |  |  |  | 4D*,5Q*,160S*,187G* |
p 1 = 0.87583 | ||||||||
p 2 = 0.12417, | ||||||||
ω 0 = 0.00000 | ||||||||
ω1 = 1.00000 | ||||||||
ω 2   = 2.09472 | ||||||||
Model 7: beta | 107 | p = 2.04966 | −28245.05 | M7/M8 | 2 | 3515.4 | 0.00 |  |
q = 9.83402 | ||||||||
Model 8 : | 109 | p 0  = 0.00001 | −30002.75 |  |  |  |  |  |
 | p = 0.00500 | |||||||
 | q = 1.23069 | |||||||
 | p 1 = 0.99999 | |||||||
 | ω = 1.00000 |