Model | np | Parameter estimates (Proportion p, omega ω) | lnL | LRT pairs | Df | 2ΔlnL | P | Positively selected sites (BEB) |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
site model | ||||||||
M0:one ratio | 116 | ω = 0.12397 | −19267.73 | M0/M3 | 4 | 1537 | 0.00 |  |
Model M3:Discrete | 120 | P 0  = 0.23156 | −18499.23 |  |  |  |  |  |
p 1 = 0.41651 | ||||||||
p 2 = 0.35193 | ||||||||
ω0 = 0.01542 | ||||||||
ω1 = 0.08491 | ||||||||
ω2 = 0.31104 | ||||||||
M1a(neutral) | 117 | p 0  = 0.66046 | −18857.30 | M1a/M2a | 2 | 0 | 1 |  |
p 1 = 0.33954 | ||||||||
ω0 = 0.12388 | ||||||||
ω1 = 1.00000 | ||||||||
Model 2a: Positive Selection | 119 | p 0  = 0.66046 | −18857.30 |  |  |  |  |  |
p 1 = 0.09285 | ||||||||
p 2 = 0.24669 | ||||||||
ω0 = 0.12388 | ||||||||
ω1 = 1.00000 | ||||||||
ω2 = 1.00000 | ||||||||
Model 7: beta | 117 | p =0.81898 | −18473.64 | M7/M8 | 2 | 0 | 1 |  |
q =4.31422 | ||||||||
Model 8 : | 119 | p 0  = 0.99999 | −18473.64 |  |  |  |  |  |
p = 0.81899 | ||||||||
q =4.31430 | ||||||||
p 1 = 0.00001 | ||||||||
ω = 1.00000 |